党的十八大以来，海关总署党组以党建工作引领保障海关各项任务的完成。
在顶层设计方面，将全国海关党建工作领导小组、党风廉政建设和反腐败工作领导小组合并为“海关总署党的建设领导小组”；先后研究下发5个文件，并同步配发5个附件，覆盖党建各个领域。另外，总署党组特别要求海关基层党组织要主动接受地方党委、党工委的领导、指导、监督。在落实责任方面，从2016年起，分批次组织直属海关党组书记和总署机关党支部书记现场述职，全面“考问”党建工作实绩。在基层党组织建设方面，推进支部建在科上，开展基层党支部工作法案例征集活动，打造“五个过硬”基层党支部，促进支部、党员双合格、双过硬。在党风廉政建设方面，开展总署党组集体约谈，召开全国海关系统警示教育大会，运用“制度+科技”手段持续抓好执法领域腐败专项整治，加强重点领域风险防范。
同时，以高标准严要求，持续抓好“两学一做”学习教育。2016年，总署代表队在中央国家机关工委组织的“党章党规在我心中——中央國家机关党章党规知识竞赛”中夺得冠军。