在社会各种冲突与纷争中，人类创造了多种解决纠纷的机制与方法。随着社会的发展，神明裁判、决斗、贤人裁判等方式逐渐被现代社会所抛弃。依法裁判强调司法判决的理由说明与程序的正当性，使得解决纠纷的机制摆脱了主观臆断和偶然随意的弊端，对具体案件处理的要求趋向公正、文明与科学。这就要求法官对每一个案件在判决时，对理由的说明和正当性的证明要经过理性的思维过程，才能使案件的处理达到理想的效果，特别是当代法治社会强调对人的价值的尊重，强调要说明强制决定的理由，法官的理性思维显得尤为重要。正如法学家季卫东所说的：“判决理由是司法权合理化的重要指标，也是法官思维水平的最典型的表现。在学识性、合理性较强的法律体系下，判决书不阐述和论证把法律适用于具体实事的理由的事情是绝对不可想象的。”
首先，法官对法律推理的运用，最集中的反映了法官对案件的理性思维过程。我们说，推理是人们进行逻辑思维的一种活动，即从一个或几个已知的前提判断得出另一个未知的结论性判断。这种思维活动在法律领域中的运用就是法律推理（ＬｃｇａｌＲｅａｓｏｎｉｎｇ）它反映的是一种运用一般逻辑形式对法律命题进行推理的过程。在我国诉讼程序法中，对法官的一个基本要求是“以实事为根据，以法律为准绳”。这里的“实事”和“法律”就是法律推理的两个已知的前提判断，法官必须根据这两个前提才能推论出结果，即判决或裁定。推理，作为一个哲学概念，其一，推理是从已知到未知、从前提到结论的逻辑（理论）思维过程；其二，推理是利用各种理由加以辩论的过程；其三，推理的目的在于论证、劝服以及影响他人。因而可以说推理是利用各种理由论证、劝服及影响他人的论证过程或论证方法。在法律中所运用的推理过程，在很大程度上是以含有不同专门性质的概念的规则和原则为基础。在许多需要法律分析的案件中，所要适用的规则被识别出来，在查明当事人之间的争议事实后，就可以按照逻辑演绎过程把这些实事归属于某个规则之下。这就要求法官寻找到一条适用于这些实事的一般规则，而要用归纳推理方法从一系列早期判决中才能推论出该规则。在法律的适用中，具有重要作用，而且常常使用的分析推理形式，如人们要求法律有确定性、稳定性和可预测性等。但这种推理方式仅适用于简易案件。“在有些情况下，特别是在所谓疑难案件中，必须进行一种高层次的实质推理，即这种推理并不是指思维形式是否正确，而关系到这种思维实质内容如何确定的问题。……这种推理方法称为辨证推理或辩证逻辑”。在司法实践中，解决争议时法官必须运用辨证推理的情形有：（１）法律未曾规定的情形；（２）一个问题的解决可以适用两个或两个以上相互抵触的前提、但必须在他们之间作出选择的情形；（３）对于所受理的案件尽管存在着规则或先例，但是法院在行使权力时考虑到该规则或先例在此争讼实事背景下总的来说或多少是不完美的而拒绝适用它的情形，即通常所谓“合理”与“合法”之间的矛盾。因此，法律推理通常在争议问题的案件中使用，它是一种明确的决定在某种程度上法律实事方面不确定纠纷的过程。在这类性质的情形中，不仅法官需要进行辨证的推理，律师也在试图劝使法官得出有利于其代理人的结论时，要诉诸于辨证劝说法。法律中的这种选择逻辑并不局限于纯目的论的、注重结果的推理。在某种程度上这是一种与结果有关的逻辑，而在另一方面，它则是一种以先例为基础的逻辑。由此可见，法律推理时特定法律工作者利用相关材料构成法律理由，以推导和论证司法判决的证成过程或证成方法。虽然在我国法律推理的运用比较薄弱，但他作为法官审理案件一项不可缺少的思维活动，将越来越受到重视。
其次，法官对法律解释的思考。一般教科书认为，法律解释是根据统治阶级的政策、立法者的意图和法律意识对法律规范的具体内容和含义所作的说明。孙国华、郭华成先生在“法律解释新论”一文中对法律解释作了具体全面的阐述：“法律解释实际上包含三个方面的内容：一指确定法律规范的内容，探求立法意图，说明法律规范的一种行为过程；二指规定法律解释过程中所运用一系列原则、技术、规则和方式，即法律解释技术。法律解释是动态（行为与过程）、静态（法律解释制）和技术三者构成的统一整体，忽视其中任何一个部分会导致理解上的偏颇”。从严格意义上的的法律解释来看，就解释的对象而言，它有有广义与狭义之分；就解释的主体而言，可以分为学理解释和法定解释。法定解释还可分为立法解释、行政解释、司法解释。还有人分为文义解释、体系解释、目的解释、历史解释与比较法解释等等（孰不一一解释其概念）。只有法定解释具有法律的约束力和权威性。在英美法系，法官解释法律被认为是理所当然的事情。如在美国，不仅最高法院可以解释法律，而且地方法院也可以解释法律；不仅可以解释一般性法律、法规，而且可以解释宪法。而大陆法系则是法官在审理任何案件时都能得心应手地引律据典，制定完整的法律体系，禁止法官对法典进行解释，唯有立法者所作权威解释才是可以允许的解释。随着社会的发展，各个法系的法律都在发展变化，我国的法律解释具有自己的特色，建立了以全国人大及其常委会为主体的各机关分工配合的法律解释体系。在法律适用过程序中，对法官来说，法律解释实质上是司法解释。第一，法律规范是抽象的，概括的规定，是对一般的人和事，而不是对具体的、特定的人和事来规定的；第二，人们的认识水平总是有差别的，对同一法律规定会有不同理解也是自然的，特别是法律规定中很多专门的法律术语，这更需要作司法解释；第三，人们不可能指望每个法律条文都规定的完美无缺，事实上，法律应规定而未规定的、规定模糊不明、相互矛盾等等都是有可能的。法官怎样将对法律的理解和说明在判决中得以体现，这就是要求法官以理性的思维，按照正常的法律适用发展过程或者法律适用发展的逻辑过程，将其确定为对法理的理解和说明，在对具体案件所选择的法律相配合时，必须要有充分的理由。一方面要求法官选择适当的法律；另一方面是法官对所选择的法律根据立法精神、意图对案件进行阐释。在我国，司法解释同样发挥着巨大的作用。最高人民法院先后对《民法通则》的解释为２００条之多；对《刑事诉讼法》的解释达３２０条。其解释比法条本身还多。还有行政、商事等方面的司法解释多不胜举。这些都充分说明司法解释在促进我国法律发展方面具有何等的能动作用。虽然我国没有法官可以进行法律解释的规定，但在审判实践中，由于案件的发生不是按法律预先规范的模式发生，往往会遇到复杂或新类型的案件，这时，法官必须对具体案件所适用的法律进行解释，以使其判决结果有充分的法律理由。如果在适用法律或者对法律的立法意图、立法精神不进行理性的思考，恣意解释法律，再完备的法律也不能实现其公正价值。由此可见，一方面，法律解释使法官所作的判决更准确表达法律条文的内涵，使判决更具最大的说服力并体现法律的正义性。正如英国法官丹宁所说的：“制定法律和法律文件的语言永远不可能使绝对明确的，因此，解释它们的时候就有两种可供选择的道路，我总是倾向能够实现正义的解释……”。另一方面，通过司法解释促进了法律的发展与进步。
再次，法官要树立牢固的程序观，始终关注诉讼的程序价值。对诉讼程序的思考，就是对公正价值的思考。司法公正也就是程序公正。对这一原则的任何背离都将导致立法意图的落空。按照程序法的逻辑，一个合法的惩罚必须以合法的证据和程序为基础；严格依照合法程序去追求合法的结果，正是法治与恣意的人治区别开来的关键所在。因此，正当程序价值的肯定，已为所有法治国家形成社会共识。所谓法律的正当程序，系指法律为了保持日常司法工作的纯洁性而认可的各种方法；促使审判和调查公正地进行，逮捕和搜查适当地采用，法律救济顺利地取得，以及消除不必要地延误等等。法官在诉讼过程中，对程序地思维表现为：第一，法官始终按照法理程序审理案件；第二，如何对待诉讼程序中的瑕疵，一方面在诉讼过程中对瑕疵证据的取舍；另一方面因办案人员失误造成诉讼程序的瑕疵，有些可以弥补，有些则无法弥补；第三，法官对程序合法性的思考，即不断完善和发展司法程序，对法律没有规定或有缺陷的程序，要求法官要有创造性思维，使司法程序更加符合法理。在美国法中，法官可以对诉讼程序进行解释或对有缺陷的程序进行补充，在刑事诉讼中可以确定警察行为的合法性。在我国，对程序的解释由最高人民法院作出，但在审判实践中，法官仍然要面对诸多法律程序方面的问题；第四，法官对诉讼程序合理性的思考，也是对程序德性的思考。即诉讼程序的人性化解释，体现人道主义，即反对刑讯逼供，弘扬伦理道德中善的一面。在我国，司法人员违反程序办案的情况较为普遍，如程序不合法的证据（如刑讯逼供的证据、未成年人的讯问要求其监护人或老师到场而监护人或老师并不在场的证据等）经常被采用，以致造成错案；强制措施的随意适用与滥用；诉讼过程中不应公开审理的案件公开或变相公开审理等等。因此，我国法官更要强调程序意识，这是因为在我国社会中，传统文化对人治的推崇和对法律程序的弱化与轻视，造成当今很多人仍然简单的把法律公正等同于实体结果的公正，认为只有实现了实体结果的公正，就达到了法律上的公正，至于程序公正是否实现，则是一个相对次要的问题。这种重实体、轻程序的认识，是数千年人治法律观念的集中表现，对贯彻依法治国方略具有极大的破坏力。逐步使法官养成法治思维方式，对待程序与实体至少要解决两个方面的认识问题：第一，要走出把法律正义简单地等同于实体公正地观念误区，形成与法治社会相适应的执法公正和司法公正新概念。法律正义的最大特点是它强调必须以程序公正为载体、为前提来追求公正的结果，而绝对不允许绕开程序公正来追求公正的结果。第二，走出程序公正从属实体公正的观念误区，重视程序公正的独立价值。程序公正具有保障和促进实体公正的功能，但是，这并不是程序公正的唯一价值，它还有许多自身的独立价值。公正的行政程序和司法程序不仅有助于提高社会总体价值，还可形成良好的社会管理秩序和生活秩序。