为了切实支持粮食主产区发展粮食产业，促进种粮农民增加收入，国家实施了粮食直补政策。此次粮食直接补贴惠及四川6559.77万农民，目前，除个别地方因整户外出等原因未兑现到户外，全省5.22亿元的粮食直接补贴资金已基本到户。据四川省统计部门反映，粮食直补政策得到广大农民群众的衷心拥护，调动了农民的种粮积极性，促进了粮食生产，增加了农民收入。但直补后的一些问题也值得关注。
——给村组干部带来苦恼。一方面，按国家政策规定，粮食直补必须将补贴直接兑现到每位种粮农民手中，而不管你的农税、提留等应交的税费是否结清。这就造成了已交清税费的绝大多数农户对村组干部有意见，认为干部不该叫自己交税费。而未交农税、提留的农户中有一部分人又讥讽村组干部：“我不交税费，你村组干部还是要把粮食直补给我，看来你们拿我还是无法呢”。由此许多村组干部很迷惑，也很烦恼，感觉今后再开展工作比较困难。另一方面，由于信息渠道增多，农民对政策知晓度比过去大大提高，村组干部一旦在执行粮食直补政策中有偏差，或因实际情况不能很公正时，农民就要上访，给基层干部其它工作出难题。
——补贴标准偏低。据邛崃市农调队5月上旬对该市13个镇乡70户农户的专题问卷调查，高达98%的农户认为补贴额度太小，应在财力允许的情况下加大补贴力度。就全省来看，平均每亩补贴9.74元。但甘孜、雅安两地由于耕地少，补贴标准低，每户拿到的补贴资金相当低。甘孜州最低的一户仅1.93元，最高的也才59.81元，这无疑是杯水车薪。
——补贴对象、补贴标准未细化，“一刀切”的后果不利于调动粮农种粮积极性。调查中发现，这次粮补，在实际操作中，补贴对象、补贴标准未细化，有两个问题值得关注。一是不少地方主要以计税面积和享受补贴的粮食数量作为计算补贴的依据，实行补贴的标准为每公斤粮食0.13元。在具体补贴方式上，采取以农业税计税土地面积或农业税计税常产等非粮挂钩的普惠制计补办法，与粮食生产和销售不挂钩，亦即脱钩补贴，或撒胡椒面式的"普惠"补贴。这种直补方式实际上是从原意的"粮食直补"扩大为"农业补贴"。特别是经济较发达地区，不少耕地早已种植花木果树药材，甚至种树、养鱼、荒芜等，照样拿到了补贴，而农户在计税面积以外的自留地种植粮食却没有一分钱的补助，这对真正的种粮者是不公的。二是不少县内计算补贴一个标准。粮食直补是按农业税计税面积进行补贴，具体方法是按近三年平均粮食产量、粮食收购量、粮食种植面积各占40%、30%、30%的比例来核定享受直补的粮食数量。调查发现，不少县粮食产量高和低的乡镇或农户，每亩的补贴额一样；有的地方单产相当悬殊，补贴却没有区别。这种无差异化的补贴，容易产生吃"大锅饭"的现象。因为这样一来，种多种少没有区别，种一季和种两季没有区别，种的好与种的不好也没有区别。任何农户只要有承包地，均可享受同样的粮食直补款，特别是举家外出户，不种粮或粗放经营，照样得到一样的补贴。据邛崃市农调队对70户农户的专题问卷调查表明，90%的农户不赞成这种补贴方式。
——边远贫穷且耕地少的地区粮食资金减少。这次粮补，是从各市（州）粮食风险基金中拿出40%的资金用于补贴，且由省上统筹安排。由此，边远贫穷且耕地少的地区由于粮食计税面积少、常年产量低，得到的补贴较少。而粮食风险基金中拿出40%的直补资金又是个硬杠子，这就带来了一些地区粮食资金的减少。如甘孜州，在1800万元粮食风险基金中，拿出40%即720万元用于粮食直补，实际该州粮食直接补贴额为395万元，减少了325万元的粮食资金。
——直补工作偏繁琐。粮食直补政策的实施，既要广泛深入地搞好政策宣传，又要切实做好计税面积和享受补贴的粮食数量的核实工作；既要认真搞好公示，接受群众监督，确保把计税面积和享受补贴的粮食数量核准、核实，还要严肃纪律，做到“五到户”和“六不准”，即：政策宣传到户、清册编制到户、张榜公布到户、通知书发放到户、资金兑付到户；不准擅自改动补贴的数额，不准截留、挤占和挪用补贴资金，不准由村组集体和村组干部代领补贴，不准拖延兑付时间，不准擅自改动补贴通知书的内容，不准以任何理由借机增加农民负担。违反规定者，将受到严肃处理。一些基层干部认为这样过于繁琐，增大了工作量，应当精简。