我国农村新型合作经济组织体系的研究思路是以农村合作经济理论为指导，在总结国际农业合作实践经验的基础上，通过对我国发展农业合作历史的回顾，分析现行农村合作经济组织的运行机制，归纳和总结出大陆农村合作经济组织体系及其发展方向。其主要研究内容包括：
1、农村合作经济组织理论：在对农村合作经济组织相关概念界定的基础上，运用合作理论、组织理论及有关理论，为本研究提供理论上的指导。
2、世界各国农村台作经济实践及启示：通过对美国、日本、德国等国家发展农村合作经济实践考察的基础上，总结出其发展的经验，以供本研究参考。
3、我国农村合作经济组织发展现状：通过对50－60年代开展合作运动的回顾，总结出成功与失败的经验教训，并将其与目前所提出的农业合作经济组织进行对比。在此基础上，提出目前我国农村合作经济组织发展缓慢的深层次原因。
4、现行农村合作经济组织的实证研究：根据我国不同行业、不同地区和不同组织形态的农村合作经济组织，选择几个具体样点进行实际调研，并就其运行机制、利益分配机制、监督保障机制等进行具体分析，提出各自的优缺点及现存问题，并找出其深层次的原因。
5、现行合作经济组织模式的比较分析：针对我国现存的各种合作经济组织的发展现状，主要分析其发展中的制约因素，并对各种合作组织模式分别进行绩效分析，提出各自的存在条件、发展阶段、优缺点、地位及发展方向。
6、新型农业合作经济组织体系的构建。在以上分析的基础上，提出建立新型农村合作经济组织体系的原则和目标，构建出不同地区具有当地特点的新型农村合作经济组织体系，并就该组织体系中的运行机制、利益分配机制、监督保障机制和政府在发展农村合作经济组织中的职能定位等问题进行重点研究。
7、新型农业合作经济组织的发展。主要就农村合作经济组织的发展目标、发展重点、发展步骤、发展措施等问题进行分析，以供我国在今后发展农村合作实践中决策参考。