2005年9月，《南方人物周刊》刊发了一篇题为《病人崔永元》的文章，文中，小崔“披露”道：“我们台一个主持人在做谈话节目，采访一位艺术家，这位艺术家很投入，很忘情，主持人也在现场号召大家向他学习。这个主持人出来后却说‘这傻B今天真配合’。后来我在看这个节目时，那个主持人在哭，我就想呕吐，太恶心了!”虽然没有点名，但几乎所有人都认为这个主持人就是朱军，于是，批评指责之声便铺天盖地地向朱军涌来。
“他说的肯定不是我，因为我肯定没说那番话。至于他说的是谁，我不知道。”倍感受到侮辱的朱军，虽嘴上对朋友这么说，但心中却深知这番话的厉害，毕竟三人可成虎，众口能铄金。想直接去找崔永元理论，可人家并没有指名道姓：想用法律来为自己讨一个公道，却又怕给中央电视台丢脸；考虑再三，朱军还是十分理智地选择了忍耐。
一天，当他无意中听到台里的同事也在因为这事而怀疑自己的人格时，他实在有些忍不住了，于是就找到了当时的台长赵化勇，说出了自己忍耐多时的委屈：“这个事呢，都是台里的事，我如果直接去找崔永元，我不知道结果是什么，我是一西北人，其实挺糙的。我如果把这个事捅到法庭上，那个时候好多媒体都等着看我们俩打架呢。我跟他同是中央电视台的人，这样的话，至少我觉得对中央电视台无益，对我朱军也无益，所以我今天来找您，这个事毕竟是出在咱们家里，我希望台里能够出面给一个公正的说法。因为连咱们台里的人都在质疑我，我都听到了，这个是我最受不了的。别人不了解我可以，但是中央电视台的同事都对我朱军的人格产生怀疑的时候，这个是我受不了的。”在朱军说完这番话之后，赵化勇便问：“朱军，我找过你吗?”“没有。”“台里其他领导找过你吗?”得到的回答仍是“没有”后，赵台长随之满脸含笑道：“这就行了嘛!我们都没有找过你，说明我们是不相信这样的事会出在你身上，你怎么这么在意这个事呢?”说得也是!既然领导都不相信，我干吗要这么在意这个事呢?想到这里，朱军心里好像平和了许多，于是就对自己说：它不就这么个事吗?算了吧!
但“树欲静而风不止”，朱军想忘了这事，但却怎么也办不到：因为，无论是久未谋面的亲戚朋友，还是刚刚认识的受访嘉宾，他们见到朱军时，都会好心好意地说上几句安慰话，诸如“我看见这些个报道了，他们都说是你；你别当回事啊，我不会觉得是你”之类。每每这时，朱军虽表面上都是哈哈一乐：“嗨，我才没当回事呢!”但内心深处仍会涌起一种莫名的委屈和痛楚。直到这个话题在半年后淡出了公众视野，朱军才结束了这种“欲罢不能”的尴尬。
不过，委屈并没有到此为止。2010年11月，朱军在接受《南方人物周刊》记者采访时还曾坦言道：“直到今天你说起这个事的时候，我依然觉得有一份委屈。因为它毕竟历时那么长一段时间。”当记者问他如何看待这份委屈时，朱军说：“我觉得有些时候受点委屈也不见得是坏事，我非常真心地说这句话，它会历练你，会让你变得更加坚强。你说人不就是这样吗?一次一次地涅�，一次一次地重生。”出乎朱军意料的是，崔永元看到这个访谈之后，随即进行了公开道歉：“对我当年过于含混地描述使朱军饱受误解受到无端伤害深感歉疚!现郑重向朱军及家人鞠躬致歉!学习朱军的抗压能力和宽广胸怀。”听到这个迟来的道歉之声，困扰朱军5年多的委屈终于可以化为乌有了!