近一段时间，以益生菌为主要成分的微生态调节剂――益生菌药品“培菲康”、“整肠生”，或保健食品“昂立一号”、“盐水瓶生态口服液”风靡整个医药市场。的确，这些益生菌食品或保健品对于维持人体内菌群的平衡，维护健康具有重要意义。但是，需要提醒大家的是，有时，抗生素和益生菌是一对矛盾，不宜同时服用。
益生菌是一类有利于调节体内微生物或酶平衡的细菌制品，是微生态调节剂中的一类。抗生素的主要作用是杀菌，无论杆菌球菌、好菌坏菌，以统统消灭为第一宗旨，尤其是现在越来越多的广谱抗生素，如头孢曲松、美洛培南等具有更广泛和强大的杀菌功能。所以，在抗生素面前，益生菌也不可避免地成了被消灭的对象。从这个意义上说，抗生素是益生菌不折不扣的“克星”，不宜合用。
但事实并非绝对，有时抗生素和益生菌又是一对伙伴。在机体面临感染性疾病威胁时，人们经常会首选抗生素进行抗感染治疗，同时使用益生菌重建正常菌群。如给患有伪膜性肠炎的患者使用甲硝唑、万古霉素等抗生素同时，使用含乳酸杆菌、双歧杆菌、酪酸菌等益生菌，可重建正常菌群，有益于疾病的治疗并预防其复发。幽门螺旋杆菌是慢性胃炎和消化性溃疡的主要致病因素，通常采用阿莫西林、克拉霉素或甲硝唑等抗生素联合治疗，但这经常引发患者胃肠道不良反应，而益生菌――乳酸杆菌不仅能直接为机体添加正常菌的数量，调节已失去的平衡，而且能通过生物拮抗、免疫作用、产生抗菌物质等方式，抑制致病菌进一步生长，明显减轻患者的腹泻、恶心、味觉障碍等不良反应。从这个意义上讲，益生菌又是抗生素的“益友”，在抗生素摧毁了体内致病菌乃至正常生物屏障后，义无反顾地帮助机体重建和谐家园。
可以这样说，益生菌已经越来越广泛地应用到感染性和非感染性疾病的治疗和预防中。但由于益生菌产品品牌各异、种类繁多，在使用益生菌时，应注意结合其具体特性。一般地说，培菲康、金双歧、丽珠肠乐等活菌制剂、保健品不宜与抗生素同服，最好间隔两小时以上使用。
可以与抗生素同用的活菌制剂：
* 整肠生为地衣芽孢杆菌制剂，生命力和耐受力强，可以与抗生素同用。
* 复方乳酸菌制剂聚克，突出特点就是能够与链霉素、红霉素、庆大霉素、头孢氨苄等14种抗生素合用。
* 美常安对头孢哌酮、头孢唑林、诺氟沙星、青霉素、红霉素等抗生素耐药，可以与抗生素同用。
* 酪酸菌制剂米雅对庆大霉素、部分青霉素、红霉素等抗生素不敏感，也可与抗生素同服。
* 一些死菌及其代谢产物的制剂可与抗生素合用，如乳酸菌素片是乳酸菌菌体及其代谢物的干燥混合物，乐托尔是经热处理的嗜酸性乳酸杆菌及其代谢物都不受抗生素的影响，可以与抗生素同用。
* 美常安、米雅等对氟康唑等抗真菌药耐药，可联合用于肠真菌病，而病毒性肠炎可首选培菲康加整肠生。
* 肠易激综合征患者可应用双歧杆菌制剂，缓解腹泻与便秘交替、腹胀、腹痛的症状。
* 小儿腹泻或消化不良，则宜选用多维乳酸菌散妈咪爱，因其既可调节肠道菌群，又可提供多种维生素和微量元素。
2001年，卫生部规定的益生菌：两歧双歧杆菌、婴儿双歧杆菌、长双歧杆菌、短双歧杆菌、青春双歧杆菌、保加利亚乳杆菌、嗜酸乳杆菌、干酪乳杆菌干酪亚种和嗜热链球菌。